상가 건물을 매도할 때 부과되는 세금은 단순히 양도세 한 가지가 아니다. 건물과 토지는 서로 다른 자산으로 취급되어, 세법상 과세 구조가 분리된다. 건물은 감가상각이 가능한 자산으로 보아 양도소득세 계산 시 취득가액이 달라지고, 토지는 비감가상각자산으로서 다른 계산 기준이 적용된다.
2025년 세법은 토지와 건물을 명확히 구분해 과세하도록 세부 규정을 보완하고 있으며, 실무에서는 건물의 감가상각누계액과 토지의 개별공시지가 구분이 필수다. 이번 글에서는 상가 건물 매도 시 토지·건물 구분 과세의 법적 근거와 계산 구조를 2025년 세법 기준으로 정리한다.
토지와 건물의 과세 구분 근거
「소득세법」과 「법인세법」은 토지와 건물을 서로 다른 자산으로 본다. 토지는 감가상각이 불가능한 비소모성 자산이며, 건물은 사용 기간 동안 가치가 감소하는 감가상각 대상 자산이다. 따라서 양도 시점의 세금 계산에서는 토지 부분과 건물 부분을 분리해야 하며, 각각의 취득가액과 필요경비를 독립적으로 계산해야 한다.
토지는 양도소득세 과세대상에 해당하고, 건물 부분은 사업용 건물이라면 소득세법상 사업소득과 연계되어 일부가 기타소득 또는 사업소득으로 재분류될 수 있다. 이 구분이 명확하지 않으면 과세표준이 왜곡되고, 감가상각분 이중과세 문제가 발생할 수 있다.
양도세 계산 구조의 차이
상가 매도 시 양도소득세 계산은 토지와 건물을 각각 다음 식으로 구분해 계산한다.
토지 부분:
양도차익 = 토지 양도가액 − (토지 취득가액 + 필요경비)
건물 부분:
양도차익 = 건물 양도가액 − (건물 취득가액 − 감가상각누계액 + 필요경비)
토지는 취득가액에 취득세·등록세·중개보수·법무비용 등을 포함할 수 있다. 반면 건물은 감가상각누계액을 반드시 차감해야 한다. 감가상각누계액은 취득 후 사용기간 동안 세법상 비용으로 인정받은 금액으로, 이를 제외하지 않으면 이중공제 문제가 발생한다.
감가상각 누계액과 세액에 미치는 영향
감가상각누계액이 많을수록 건물의 취득가액은 낮아지고, 양도차익은 커진다. 예를 들어 건물 취득가가 5억 원, 감가상각누계액이 1억 원이라면 세법상 취득가액은 4억 원이 된다. 따라서 동일한 양도가액이라도 감가상각이 누적될수록 과세표준은 커진다.
감가상각은 회계상 선택이지만 세법상 강제 성격이 강하다. 사업용 건물은 감가상각을 하지 않았더라도 세무상 ‘상각한 것으로 간주’되어 상각누계액을 차감해야 한다. 즉, 상각을 하지 않았다는 이유로 양도세를 줄일 수 없다. 이 원칙을 놓치면 신고 불성실 가산세 대상이 될 수 있다.
토지·건물 가액 배분 기준
토지와 건물의 가액 배분은 매매계약서상 금액을 우선 기준으로 삼는다. 계약서에 별도 구분이 없는 경우, 감정평가액·공시지가·건물 시가표준액 등을 활용하여 안분 계산한다. 일반적으로 다음과 같은 식이 사용된다.
건물가액 = 총매매가 × (건물 시가표준액 ÷ (건물 시가표준액 + 토지 공시지가))
토지가액 = 총매매가 − 건물가액
이때 건물 시가표준액은 지방자치단체의 재산세 과세기준 자료에서 확인할 수 있으며, 토지 공시지가는 국토교통부 공시가격 시스템을 이용한다. 정확한 안분이 이루어져야 감가상각 계산 및 양도소득세 신고가 올바르게 진행된다.
부가가치세 처리 관계
상가 건물 매도 시 부가가치세 여부도 반드시 확인해야 한다. 토지는 부가가치세 면세 대상이지만, 건물은 과세대상이다. 즉, 토지와 건물은 부가가치세법상으로도 구분되어야 하며, 건물 양도가액에는 10%의 부가세가 포함된다.
다만 임대용 건물 등 사업용으로 사용 중인 경우에는 ‘사업 양도’로 간주되어 부가세 면세가 될 수 있다. 이 경우 매도인은 부가세 신고를 생략할 수 있지만, 사업자등록 정정과 공급가액 명세서를 정확히 제출해야 한다.
2025년 세법 기준 실제 계산 예시
예를 들어 한 납세자가 2015년에 상가 건물을 10억 원(토지 6억, 건물 4억)에 취득하고, 2025년에 14억 원(토지 8억, 건물 6억)에 매도했다고 가정하자. 감가상각누계액은 1억 원이다.
토지 양도차익 = 8억 − 6억 = 2억
건물 양도차익 = 6억 − (4억 − 1억) = 3억
총 양도차익 = 5억
과세표준 = 5억 − 기본공제(250만 원) = 4.975억
적용세율(누진) = 약 35%
산출세액 = 4.975억 × 35% = 1.74억
지방소득세 = 1.74억 × 10% = 0.174억
총세액 = 약 1.914억 원
이 예시는 토지와 건물의 구분이 세액에 어떤 영향을 주는지를 보여준다. 감가상각누계액을 반영하지 않거나 토지·건물 비율을 잘못 입력하면 실제보다 많은 세금을 내거나 추후 수정신고를 해야 하는 상황이 발생할 수 있다.
절세 전략 및 실무 포인트
- 매매계약서에 토지·건물 금액을 명확히 구분해 기재한다.
- 감정평가를 받아 공시가격 대비 배분 비율을 합리적으로 설정한다.
- 감가상각누계액은 매년 장부에 반영해 관리하고, 양도 직전 확인한다.
- 건물 부가세 과세 여부를 판단해 부가세 포함 금액을 조정한다.
- 필요경비 증빙(법무비·중개수수료·세금계산서 등)을 전자파일로 보관한다.
- 양도 직전 세무 전문가를 통해 세율 구간과 공제항목을 검토한다.
절세의 핵심은 정확한 자산 구분과 증빙 확보다. 세법상 토지와 건물은 서로 다른 자산으로 취급되므로, 세금 계산 전 감정평가를 통한 안분 비율 확인이 중요하다. 특히 상가처럼 감가상각이 누적된 건물은 취득가액 계산 오류가 빈번하므로, 세무조사 대비용 장부관리를 지속해야 한다.
결론 및 핵심 요약
- 상가 매도 시 토지와 건물은 반드시 구분해 양도세를 계산해야 한다.
- 건물은 감가상각누계액을 차감하고, 토지는 비감가상각 자산으로 계산한다.
- 부가가치세는 토지는 면세, 건물은 과세 대상이다.
- 계약서·공시가격·감정평가를 근거로 가액 배분을 명확히 해야 한다.
- 정확한 구분이 절세뿐 아니라 세무조사 리스크를 줄이는 핵심이다.
토지·건물 구분 과세는 단순한 회계 절차가 아니라 법적으로 명시된 과세 원칙이다. 실무자는 매도 전부터 배분 비율을 검증하고, 감가상각누계액을 정리해 신고해야 한다. 2025년 세법은 실질과세 원칙을 강화하는 방향으로 개정되고 있으므로, 상가 매도 전 세무 상담을 통해 정확한 계산 근거를 확보하는 것이 가장 안전하다.
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