양도세 실거래가 vs 기준시가 적용 판단 기준 (2025년 기준)

양도세에서 실거래가와 기준시가 중 어떤 금액을 적용하느냐는 최종 세액에 큰 차이를 만드는 핵심 요소다. 부동산 가격 변동성과 지역별 시세 차이가 커지는 2025년 기준에서는 세법도 ‘실질과세 원칙’을 강화하고 있어 모든 부동산 거래에 실거래가가 자동 반영되는 것은 아니다. 세법은 거래의 성격, 거래 당사자의 관계, 신고 내용의 정확성, 자금 흐름의 일관성 등을 종합적으로 판단해 실거래가 또는 기준시가 중 하나를 적용한다.

그러나 실제 신고 현장에서는 어떤 거래가 실거래가 적용 대상인지, 어떤 경우에 기준시가로 과세되는지 모호한 상황이 자주 발생한다. 특히 특수관계자 거래, 가족 간 양도, 저가 양도, 고가 매매 등 세무서의 검증 대상이 많은 거래는 신고가 복잡해지고 실수로 잘못 신고하면 가산세가 부과될 수 있다. 이번 글에서는 2025년 세법 기준으로 양도세 신고 시 실거래가와 기준시가 적용 판단 기준을 사례 중심으로 명확하게 정리했다.

목차

1. 실거래가 적용이 원칙인 경우
2. 기준시가로 과세되는 경우
3. 국세청이 실거래가를 인정하지 않는 상황
4. 특수관계자 거래에서의 판단 기준
5. 신고 실수로 과세가 달라지는 실제 사례
6. 결론 및 절세 팁

실거래가 적용이 원칙인 경우

세법은 기본적으로 양도세를 계산할 때 ‘실제 거래가액(실거래가)’을 우선 적용하도록 규정한다. 이는 부동산 시장의 시세를 정확히 반영하기 위한 세법의 기본 원칙이다. 실거래가 적용 대상은 다음과 같은 특징을 가진다.

• 부동산 거래가 정상적인 시장가격에서 이루어진 경우
• 거래 당사자가 특수관계인이 아닌 경우
• 계약서·통장입금 내역 등 거래 증빙이 명확한 경우
• 세무서가 거래가액의 적정성을 의심할 이유가 없는 경우

실거래가가 그대로 인정되면 양도세는 ‘실제 금액 기준’으로 계산되기 때문에 불필요한 조정이 발생하지 않는다. 일반적인 매매, 경매 낙찰, 공매 매각 등은 실거래가를 그대로 적용받는다.

기준시가로 과세되는 경우

기준시가는 국세청이 정한 ‘공식적인 평가금액’으로 아파트의 경우 공동주택가격, 토지는 개별공시지가, 상가는 개별 기준시가를 의미한다. 기준시가가 적용되는 경우는 다음과 같다.

• 실거래가가 허위로 의심될 때
• 계약서·이체내역 등 증빙이 부족한 경우
• 특수관계자 거래 중 정상가액 입증 실패 시
• 무상양도 또는 교환거래 등 거래가액이 없는 경우

세무서는 실거래가가 적정한지 판단하지 못하면 즉시 기준시가를 적용해 세액을 산정한다. 이 경우 납세자는 기준시가가 실제 거래금액보다 높아 양도세 부담이 증가하는 상황도 발생할 수 있다.

주의: 기준시가 적용은 납세자가 선택하는 것이 아니라 ‘거래의 신뢰성이 떨어질 때’ 세무서가 판단해 적용한다.

국세청이 실거래가를 인정하지 않는 상황

거래가 정상적으로 이루어진 것처럼 보여도 세무서는 여러 데이터를 기반으로 실거래가의 진정성을 검증한다. 실거래가가 인정되지 않는 대표 사례는 다음과 같다.

• 거래가 시세 대비 과도하게 낮거나 높은 경우
• 가족 간 매매인데 감정평가서가 없는 경우
• 자금 출처가 불명확한 고가 거래
• 거래 직전·직후 반복된 쪼개기 이체가 있는 경우
• 잔금일과 실제 이체일이 불일치하는 경우

세무서는 이러한 상황에서 실거래가를 인정하지 않고 기준시가 또는 감정평가액을 적용해 세금을 계산할 수 있다. 특히 시가보다 지나치게 낮은 금액으로 거래하면 증여세까지 동시에 부과될 위험이 있다.

특수관계자 거래에서의 판단 기준

부모·자녀·형제자매 등 특수관계자 간 거래는 국세청의 빅데이터 분석에서 가장 주의 깊게 검토되는 영역이다. 이러한 거래는 시가보다 낮은 가격으로 거래하는 경우가 많아 조세 회피 위험이 크다고 판단되기 때문이다.

특수관계자 거래에서 실거래가가 인정되려면 다음의 기준을 충족해야 한다.

• 감정평가서(6개월 내) 제출
• 매도금액 전체 계좌이체 증빙
• 거래가 주변 실거래가와 큰 차이가 없어야 함
• 부채 승계 시 금융기관 확인서 제출

이 기준 중 하나라도 충족하지 못하면 세무서는 실거래가를 부인하고 기준시가 또는 감정가액으로 양도세를 다시 계산하게 된다.

팁: 가족 간 거래는 반드시 감정평가서를 활용하는 것이 실거래가 인정의 가장 확실한 방법이다.

신고 실수로 과세가 달라지는 실제 사례

실무에서 가장 흔한 실수는 계약서 금액과 실제 이체금액이 불일치하는 경우다. 예를 들어 계약서에는 6억 원으로 작성했지만 실제 잔금이 5억 8천만 원만 입금된 경우, 세무서는 실거래가 부인 및 기준시가 과세를 할 수 있다.

또 다른 사례는 가족 간 거래에서 감정평가서를 제출하지 않아 세무서가 실거래가를 인정하지 않은 경우다. 거래가액이 시세보다 20% 이상 낮으면 ‘저가양도에 따른 증여세’까지 추가 부과된다. 이처럼 작은 실수도 큰 세액 차이를 만들 수 있기 때문에 신고 전 자료 정합성을 반드시 점검해야 한다.

결론 및 절세 팁

양도세 신고에서 실거래가와 기준시가의 적용 기준은 단순 금액 비교가 아니라 ‘증빙의 신뢰성’과 ‘거래의 실질 여부’를 판단하는 과정이다. 증빙이 명확하면 실거래가가 그대로 적용되지만 자료가 불충분하면 기준시가 적용으로 세금이 증가할 가능성이 높다.

• 모든 계약금·잔금은 계좌이체로 남긴다.
• 특수관계자 거래는 감정평가서를 필수로 활용한다.
• 계약서·통장내역·등기부등본의 날짜 일관성을 확인한다.
• 시가와 거래가 차이가 크면 사전 세무 상담이 필요하다.

양도세는 세법의 해석보다 증빙 관리가 훨씬 중요하다. 모든 자료가 일관되고 정확하다면 실거래가를 인정받는 것이 어렵지 않다. 사전점검이 철저하면 불필요한 세무조사와 가산세 부담을 충분히 피할 수 있다.

본 문서는 2025년 소득세법·국세기본법 기준으로 작성된 일반 정보 자료다. 개별 거래의 시가 인정 여부는 신고 자료, 거래 방식, 당사자 관계에 따라 달라질 수 있다. 중요한 결정은 반드시 세무전문가 검토 후 진행하는 것이 바람직하다.